Raízes familiaresAs origens familiares de Nefertiti são pouco claras. O seu nome significa "a mais Bela chegou", o que levou muitos investigadores a considerarem que Nefertiti teria uma origem estrangeira, tendo sido identificada por alguns autores como Tadukhipa, uma princesa do Império Mitanni (império que existiu no que é hoje a região oriental da Turquia), filha do rei Tushratta. Sabe-se que durante o reinado de Amen-hotep III chegaram ao Egito cerca de trezentas mulheres de Mitanni para integrar o harém do rei, num gesto de amizade daquele império para com o Egito; Nefertiti pode ter sido uma dessas mulheres, que adotou um nome egípcio e os costumes do país.
Contudo, nos últimos tempos tem vingado a hipótese de Nefertiti ser egípcia, filha de Ay, alto funcionário egípcio responsável pelo corpo de carros de guerra que chegaria a ser faraó após a morte de Tutankhamon. Aye era irmão da rainha Tié, esposa principal do rei Amen-hotep III, o pai de Akhenaton; esta hipótese faria do marido de Nefertiti o seu primo. Sabe-se que a família de Aye era oriunda de Akhmin e que este tinha tido uma esposa que faleceu (provavelmente a mãe de Nefertiti durante o parto), tendo casado com a dama Tié.
De igual forma o nome Nefertiti, embora não fosse comum no Egito, tinha um alusão teológica relacionada com a deusa Hathor, sendo aplicado à esposa real durante a celebração da festa Sed do rei (uma festa celebrada quando este completava trinta anos de reinado).
Casamento com Amen-hotep
Akhenaton e NefertitiNão se sabe que idade teria Nefertiti quando casou com Amen-hotep (o futuro Akhenaton). A idade média de casamento para as mulheres no Antigo Egipto eram os treze anos e para os homens os dezoito. É provável que tenha casado com Amen-hotep pouco tempo antes deste se tornar rei.O seu marido não estava destinado a ser rei. Devido à morte do herdeiro, o filho mais velho de Amen-hotep III, Tutmés, Amen-hotep ocupou o lugar destinado ao irmão. Alguns autores defendem uma co-regência entre Amen-hotep III e Amen-hotep IV, mas a questão está longe de ser pacífica no meio egiptológico. A prática das co-regência era uma forma do rei preparar uma sucessão sem problemas, associando um filho ao poder alguns anos da sua morte.
Nos primeiros anos do reinado de Amen-hotep começaram a preparar-se as mudanças religiosas que culminariam na doutrina chamada de "atonismo" (dado ao facto do deus Aton ocupar nela uma posição central). Amen-hotep ordenou a construção de quatro templos dedicados a Aton junto ao templo de Amon em Karnak, o que seria talvez uma tentativa por parte do faraó de fundir os cultos dos dois deuses. Num desses templos, de nome Hutbenben (Casa da pedra Benben), Nefertiti aparece representada como a única oficiante do culto, acompanhada de uma filha, Meketaton. Esta cena pode ser datada do quarto ano do reinado, o que é revelador da importância religiosa desempenhada pela rainha desde o início do reinado do seu esposo.
No ano quinto do reinado, Amen-hotep IV decidiu mudar o seu nome para Akhenaton, tendo Nefertiti colocado diante do seu nome de nascimento o nome Nefernefernuaton, "perfeita é a perfeição de Aton". Nefertiti passou a partir de então a ser representada com a coroa azul, em vez do toucado constituído por duas plumas e um disco solar, habitual nas rainhas egípcias.